Program Studi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI) dulu Program Stud Bimbingan Penyuluhan Islam (BPI) berada di Jurusan Dakwah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pontianak mulai berdiri pada tahun 1997 berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 11 tanggal 21 Maret 1997. Seiring dengan perubahan status Fakultas IAIN di seluruh Indonesia. perjalanan penyelenggaraan pembelajaran Program Studi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI) mendapatkan Izin Operasional melalui Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor DJ.II/333/2002 tentang penyelenggaraan Program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Islam (BPI).

Setelah berjalan lima tahun, maka surat izin ini kemudian diperpanjang dengan SK Dirjen Diktis Nomor: Dj.I/123/2007 tanggal 26 Maret 2007. Surat izin ini kemudian diperpanjang lagi berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 561 tahun 2012 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (S1) pada Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) tertanggal 15 Mei 2012. Program Studi BKI telah terakreditasi B dengan SK BAN-PT tanggal 26 Mei 2007 dengan Surat Nomor 032/BAN PT/Ak – XV/S.1/X/2012. Akreditasi terakhir tanggal 21 November 2017, dengan nilai Akreditasi B.

Dalam perjalanannya, Program Studi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI) mengalami pasang surut dalam proses penerimaan mahasiswa baru, namun hal yang membanggakan adalah terserapnya alumni BKI di berbagai instansi Pemerintah dan Swastadengan berbagai profesi mulai sebagai penyuluh hingga guru.